臺北表演藝術中心的組織架構由上而下分為三個層級。最高層級為董事長室,次之為執行長室,並轄下設有九大專業部門:節目部、技術部、研發部、行銷部、顧客部、公關部、管理部、財務部以及物業部。各部門並列且協同合作,共同推動中心的營運發展,實現表演藝術推廣與創新的使命。